一般情况下，水苏糖可以长期服用。水苏糖通常为存在于大豆、黄豆、绿豆等豆科植物中的天然功能性低聚糖，长期适量服用，对于平衡肠道内微生态，以及润肠通便等有一定的辅助作用。但对于糖尿病患者，通常不宜长期大量摄入。
1、可以长期服用：水苏糖一般能够选择性增殖肠道内的益生菌，比如双歧杆菌、乳酸菌等，又能抑制肠道内有害菌生长，从而使肠道内的有益菌增多，有害菌减少，对平衡肠道内微生态、调节胃肠功能可起到一定的辅助作用。而且通过发酵作用，肠道内益生菌可将水苏糖转化为醋酸、乳酸、短链氨基酸等有机酸，降低肠道内的pH值，刺激肠道蠕动。水苏糖还能吸收肠道内的水分，使粪便保持一定湿度，对预防便秘也能起到一定的辅助作用，因此长期适量服用水苏糖，对身体有一定好处；
2、不可以长期服用：若为糖尿病患者，一般不适宜长期大量服用水苏糖，以免引起血糖波动，不利于疾病控制。另外对于年龄较小的婴儿也不适宜长期服用水苏糖，以免对其造成不良影响。