比萨其实就是薄干脆饼（flat bread）的不断创新，特别是把番茄当成配料加在脆饼上，是最大的创新改变。在16世纪，番茄随着地理大发现从美洲被带到欧洲；但历经很长一段时间，番茄都未被人们当成食物，因为很多人们认为番茄就像其它的茄属植物一样，可能具有毒性。一直到18世纪后期，那不勒斯一带的贫穷家户把蕃茄加在发酵薄脆饼上食用，此食谱逐渐普遍流行，于是现代比萨的原型就此诞生。这道菜肴开始成为流行，比萨也成为旅行者到城市贫穷区探险、体验美食的焦点。
在1830年以前，比萨是在店外的露天货架或由摊贩出售的。许多比萨店将此古老传统贩售方式保存至今，我们可以经常可以在街头看到的景象，个人坐在公园独享纸包食物的美味比萨，加上一杯从露天货架上购买的饮料。比萨经过不断的创新与改进，形成一种常见的庶民文化。法国作家及美食家亚历山大·仲马（大仲马）在他的著作《Le Corricolo》对比萨描述[21]，他写道：“在那不勒斯，比萨上面加有猪、黄油、奶酪、番茄或者凤尾鱼”，而且在那不勒斯的冬季中，那是经济贫困者的唯一食物。
那不勒斯的Antica Pizzeria Port'Alba（英语：Antica Pizzeria Port'Alba）比萨店
一般认为，那不勒斯的 Antica Pizzeria Port'Alba 是第一家成立的比萨店。[22]自1738年起，Antica Pizzeria Port'Alba 为小贩们制作比萨；1830年，他们扩大规模成为带有桌椅，提供顾客服务的比萨餐馆。超过280年的经营至今，商店仍然存在并一如往昔提供美味的比萨。
那不勒斯人对待比萨的态度非常认真。纯化论者—例如 Via C. Sersale 著名的比萨店“Da Michele”（建立于1870年）[23]认定真正的比萨就只有两种—“Marinara”（水手比萨（英语：Pizza marinara））和“Margherita”（玛格丽塔比萨），并且该店坚持只卖这两种比萨。Marinara 是最古老的一种比萨，它上面有番茄、牛至、大蒜、特级初榨橄榄油，通常还有罗勒；比萨之所以叫做“Marinara”，并不是因为比萨上面的意大利式蕃茄酱（Alla marinara），而是因为其原料都可以长久保存，能让水手们（Marinai）在其漫长的旅程中随身带着比萨并随时享用。至于 Margherita 则归功于厨师 Raffaele Esposito 创新的比萨，Esposito 在“Pietro... e basta così”的比萨店工作，该店建于1880年，至今仍以“布兰迪比萨店”的名字运营；1889年，他为意大利国王翁贝托一世和王后玛格丽塔烤制3款不同的比萨，王后最喜欢的有意大利国旗三色的比萨——绿色（罗勒叶）、白色（马苏里拉奶酪）和红色（番茄）[3]，为了表达对王后的敬意，从此这种比萨就叫做“玛格丽塔比萨”。
成立于1984年的“Associazione Verace Pizza Napoletana”[24]（“那不勒斯真正比萨协会”）制定非常具体的规则：要求厨师遵守正宗的比萨烘制作法，以维持真正的那不勒斯传统比萨。其中包括：比萨必须在燃木圆顶烤箱中烘烤；底部面皮必须以手工揉捏；不得使用任何机械方式制备。另外，比萨直径不得超过 35 厘米；中心厚度不可超过三分之一厘米。该协会还择优选取发布世界各地的比萨店，以传播那不勒斯比萨的理念和方法。
那不勒斯以比萨闻名，市内有许多著名的比萨店，其中大部分位于那不勒斯古老的历史中心，有许多传统比萨店。例如 Da Michele、Port'Alba、Brandi、Di Matteo、Sorbillo、Trianon 和 Umberto。这些比萨店也自行设有一些店内标准，甚至比协会指定的规则更加严格。例如，仅可使用维苏威火山斜坡上生长的圣马扎诺番茄；只能以顺时针方向淋上橄榄油和放置番茄配料。
即使在意大利发源地，人们对比萨口味的喜爱也各有不同。例如在那不勒斯，比萨的底部面皮必须柔软而柔韧。但在罗马，薄而脆的比萨面皮却更受到更多的喜爱。此外，在意大利还有一种流行的比萨是“pizza al taglio”，这是一种在矩形托盘中烘烤的比萨，上面有各种配料，店家会按重量切割出售。
比萨大众美食，持续不断创新。一些众人瞩目的事件记录如下：
1962年，加拿大安大略省查塔姆卫星餐厅创新出“夏威夷比萨”，颠覆传统比萨制法，在面皮顶部放有菠萝和火腿。[25]
2009年12月，欧盟授予那不勒斯比萨为受保护的原产地名称（PDO）。[26]
2012年，世界上最大的比萨在罗马烘焙完成，面积广达1261.65平方米。[27]
2016年，被媒体广泛报导的机器人公司 BeeHex 发明出能够以3D打印制作比萨的机器人。[28]
2017年12月，那不勒斯比萨被列入联合国教科文组织的非物质文化遗产名录。[29]